miércoles, 18 de marzo de 2020

La vacuna pasa por conocer el genoma viral del COVID-19 ó SARS-CoV-2.







Se inicia la carrera por conseguir la ansiada vacuna contra el Covid19.

En los EEUU de América está el Ensayo Clíncio Fase I de una vacuna experimental con ácido RNA mensajero ( mRNA) que redirige al organismo a crear una proteína  que está en la superficie externa del Covid19 favoreciendo una respuesta inmune frente al virus.


El ensayo está dirigido por el NIH, y en concreto  se realiza en Seattle, estado de Washington en el Kaiser Institute y se realiza con 45 sujetos de entre 18 y 55 años.

En China, la científica Chen Wei lidera un estudio que  va a empezar a probarse  en voluntarios sanos.

En todo caso, no va a estar disponible antes de bastantes meses ( entre 12 y 18 meses) y no será útil para  resistir el embate de ésta primera oleada del COVID19.



 En la Figura, características de la proteína "spike" que está en la  superficie del COVID19 y otros seis coronavirus, está en rojo en la parte de arriba. Desde los 21.900 nucleótidos hasta  los 25.500 nucleótidos.

En la Figura, características de la proteína "spike" que está en la  superficie del COVID19 y otros seis coronavirus, está en rojo en la parte de arriba. Desde los 21.900 nucleótidos hasta  los 25.500 nucleótidos.


 En la Figura, características de la proteína "spike" que está en la  superficie del COVID19 y otros seis coronavirus, está en rojo en la parte de arriba. Desde los 21.900 nucleótidos hasta  los 25.500 nucleótidos.


 Se  ha especulado que el COVID19 se uniria con una gran afiniad   a los creceptores ACE ( Angiotensina / enzima convertidora).  Esto explicaría quizás orque  los hipertensos son más susceptubles a la acción patógena del virus, ya que las células epiteliales del pulmon tienen una densidad mayor de éstos receptores. Y también  explicaría porqué en los niños, donde este sistema receptor ACE no está muy desarrollado por debajo de los 16 años, el virus al parecer tienen  menos afinidad y hay menos casos.

Otra peculiaridad del COVID19 es que hay un receptor llamado RRAR en la intersección de las dos subunidades de la proteína spike llamados S1 y S2  que permiten una rotura enzimaica (cleavage) por una molécula de furina y otras proteasas, que estarían relacionado con la infectividad del virus.

Al parecer, a nivel molecular hay una  molécula del aminoácido prolina insertada   en la secuencia PRRA y el cambio de conformación creado por ésta molécula   permitiría la adicción de  varios glicanos, concretamente S673, T678 y  S686.

 Para conocer más sobre los coronavirus habrá que estudiar que función tienen esas  roturas inducidas por polibases ( PCS= Polybasic Cleavage Sites), porque  no se han observado en otros coronavirus  del tipo  HKNU, mucho menos infecciosos. 

Igualmente se desconoce que función real tienen esas  (PCS)  Los experimentos  realizados para conocer la patogenicidad de éstos virus se han centrado en la inserción de  una furina en los dominios S1 y S2. que permiten  infectar a las células humanas  por  MERS o coronavirus  presentes en los murciélagos.

Se ha comprobado que  la replicación rápida de ésas PCS en una proteíína llamada Hemaglutinina  (muy relacionada con la infectividad de los virus)  que  tendría una función similar a la proteína  spike.

En concreto sabemos que insertar esos dominios PCS hace que la infectividad de ésos virus aumente sustancialmente.  

Se ha postulado la teoría de que el  COVID19 venía de un salto interespecies y un aumento de esas PCS. 

El vector intermedio no está aún perfectamente claro, se habló de murciélagos (Rhinolophus affinis) , de serpientes y del pangolín (Manis javanica) .

En murciélagos el  RaTG13 tiene una similaridad genómica del  96 % y ´wstis animales  podrian ser reservorios del virus o de , en general, los  virus SARS-CoV-like v, pero su RBD en la proteína spike difiere por lo que no podría unirse bien al citado receptor de la ACE ( Angiotensina /Enzima Convertidora).

Los pangolines de Malasia son importados ilegalmente a  China /Guangdong  y se han descrito coronavirus de la familia SARS-CoV-2 con   una fuerte similaridad  con la RBD, en concreto a seis resíduos  aminoacídicos. 

Esto induce a pensar que  la  proteína del  SARS-CoV-2 estária muy  optimizada su síntesis iseñados  para unirse al receptor ACE  ( angiotensina, Enzima Convertidora) y serian el resultado de la selección natural .

Diversos autores , como los científicos chinos que  publicaron el primer caso en Nature  están en contra de que el COVID-19 sea un producto de laboratorio y se inclinan mas por la selección natural.



Las secuencias que aparecen están en Banco de Datos del NCBI Gen Bank; MN908947, MN996532, AY278741, KY417146 y  MK211376. 

Las secuencias del pangolin, por consenso son:  SRR10168377  SRR10168378 (NCBI BioProject PRJNA573298)29,30

El artículo original  :DOIhttps://doi.org/10.1038/s41591-020-0820-9


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